Muzeum punktem odniesienia dla wszystkich zainteresowanych dziedzictwem Żydów polskich oraz znakiem dokonującego się przełomu we wzajemnych stosunkach Polaków i Żydów. Istnienie muzeum ma za zadanie wspomóc rozwój tożsamości żydowskiej wśród odradzającej się wspólnoty Żydów polskich, a jednym z jego zadań jest wspieranie inicjatyw lokalnych i ogólnokrajowych, podejmowanych w demokratycznej Polsce, aby na nowo przemyśleć doświadczenie współżycia obu społeczności. Program muzeum jest swego rodzaju punktem wyjścia dla debat zarówno na temat jasnych, jak i ciemnych kart polsko-żydowskiej przeszłości. Daje ogólną orientację, wyznacza kierunki, zachęca do samodzielnej eksploracji rzadko odwiedzanych miejsc.
Muzeum POLIN jest miejscem spotkań ludzi, którzy pragną lepiej poznać przeszłość i współczesną kulturę żydowską, chcą zmierzyć się ze stereotypami i ograniczyć zjawiska zagrażające współczesnemu światu, takie jak ksenofobia i nacjonalistyczne uprzedzenia.